EndoFree Plasmid Kit将高效的内毒素去除步骤整合到质粒纯化流程中，不需要额外步骤，也不需用亲和柱去除脂多糖。通过QIAfilter Mega-Giga Cartridge过滤细菌裂解液，并使用重力流QIAGEN-tip阴离子交换柱纯化质粒DNA。产量可达10 mg（Giga）、2.5 mg（Mega）、500 μg（Maxi）DNA。纯化的DNA无内毒素（<0.1 EU/µg DNA）。

选用EndoFree Plasmid Mega Kit而非EndoFree Plasmid Giga Kit纯化低拷贝质粒和科斯质粒，将会得到更好的效果，因为后者需要较大的培养体积，而QIAfilter Mega-Giga Cartridge的容量有限。

EndoFree Plasmid Kits去除细菌在裂解过程中释放的内毒素，内毒素会影响原代细胞和敏感培养细胞的DNA转染。从EndoFree Plasmid Kits得到的无内毒素DNA高度适用于可重复且结果可靠的转染（参见Plasmid purification method versus transfection efficiency和Plasmid purity versus transfection efficiency及表"Endotoxin levels in plasmid preparations"和"EndoFree DNA yields high transfection efficiencies with primary cells"）。QIAGEN超纯无内毒素DNA也适用于基因治疗研究和其他敏感应用。

纯化的质粒DNA内毒素污染水平取决于所用的纯化方法（参见"Endotoxin levels in plasmid preparations"）。硅胶技术纯化的DNA具有非常高的内毒素水平。QIAGEN、QIAfilter、HiSpeed Plasmid Kits和两次CsCl超速离心可获得相对低水平内毒素的纯DNA。EndoFree Plasmid Buffer Set包含完整的内毒素去除步骤，获得<0.1 EU/µg的质粒DNA。

QIAfilter、HiSpeed和EndoFree Plasmid Kits提供的QIAfilter Cartridges是特殊设计的过滤装置，用于代替细菌细胞碱裂解后的离心步骤。QIAfilter Cartridges可完全去除SDS沉淀，清除细菌裂解液，相比离心可大量节约时间，减少1小时的质粒纯化时间。QIAfilter Mega-Giga Cartridges采用内部真空方式轻松高效的清除大量细菌裂解液（注意：该试剂盒不包含瓶子）。

内毒素，又称脂多糖或LPS，是大肠杆菌等革兰氏阴性菌细胞膜的组成部分，如大肠杆菌（参见Bacterial cell wall）。内毒素在质粒裂解纯化过程中释放出来，并显著降低内毒素敏感细胞株的转染效率。此外，内毒素与DNA竞争“自由”转染试剂，影响转染实验中质粒DNA的摄取。内毒素也诱导巨噬细胞和B细胞等免疫细胞发生非特异性免疫反应，从而导致转染结果的误读。这些反应包括诱导的蛋白质和脂类，如IL-1和前列腺素等的合成。总体而言，内毒素在转染实验中是不可控变量，影响结果的可重复性，使它们难以对比、解读。在基因治疗研究中，内毒素可造成内毒素休克综合症和激活补体级联，干扰研究。

在碱性条件下，细菌细胞裂解，使用QIAfilter Mega-Giga Cartridge清除粗裂解物。将Endotoxin Removal Buffer加入到过滤后的裂解液中。冰浴后，将纯净的裂解物上样到阴离子交换柱上，在适当的低盐和pH条件下，质粒DNA选择性结合。用中盐缓冲液清除RNA、蛋白质、代谢产物和其他低分子量杂质，超纯质粒DNA被高盐缓冲液洗脱（参见QIAGEN Plasmid Kit procedures）。最后DNA由异丙醇脱盐、沉淀并且离心回收。

使用EndoFree Plasmid Kits纯化的DNA适合多种敏感应用，包括：

• 转染，包括原代、敏感以及悬浮细胞
• 基因治疗研究
• 基因沉默
• 显微注射